Der Biodiversitätsfonds zielt auf den Erhalt, auf die Verbesserung und auf die Wiederherstellung der biologischen Vielfalt in Österreich durch Unterstützung von Maßnahmen zur Umsetzung der nationalen Biodiversitäts-Strategie in Ergänzung zu den Maßnahmen im Rahmen der Gemeinsamen Agrarpolitik der Europäischen Union und des Waldfonds. Darüber hinaus soll durch die Unterstützung von Maßnahmen außerhalb Österreichs im Sinne der nationalen Biodiversitäts-Strategie ein Beitrag zur Erreichung der globalen Biodiversitätsziele geleistet werden. Insgesamt soll durch den effizienten Mitteleinsatz ein größtmöglicher Beitrag zu den Zielsetzungen der nationalen Biodiversitäts-Strategie geleistet werden.