Schutzzweck des „Europaschutzgebiets Böhmerwald und Mühltäler“ (§ 1) ist die Erhaltung oder gegebenenfalls die Wiederherstellung eines günstigen Erhaltungszustands
1. der in der Tabelle 1 angeführten natürlichen Lebensräume des Anhangs I der „FFH-Richtlinie“ (§ 7 Z 1)
Tabelle 1
| Codebezeichnung gemäß der „FFH-Richtlinie“ (Kennzeichnung eines prioritären natürlichen Lebensraums mit einem „*“) | Bezeichnung des Lebensraums |
| 3150 | Natürliche eutrophe Seen mit einer Vegetation des Magnopotamions oder Hydrocharitions |
| 3260 | Flüsse der planaren bis montanen Stufe mit Vegetation des Ranunculion fluitantis und des Callitricho-Batrachion |
| 4070* | Buschvegetation mit Pinus mugo und Rhododendron hirsutum ( Mugo Rhododendretum hirsuti ) |
| 6230* | Artenreiche montane Borstgrasrasen (und submontan auf dem europäischen Festland) auf Silikatböden |
| 6410 | Pfeifengraswiesen auf kalkreichem Boden, torfigen und tonigschluffigen Böden ( Molinion caeruleae ) |
| 6510 | Magere Flachland-Mähwiesen ( Alopecurus pratensis, Sanguisorba officinalis ) |
| 6520 | Berg-Mähwiesen |
| 7110* | Lebende Hochmoore |
| 7120 | Noch renaturierungsfähige degradierte Hochmoore |
| 7140 | Übergangs- und Schwingrasenmoore |
| 8110 | Silikatschutthalden der montanen bis nivalen Stufe ( Androsacetalia alpinae und Galeopsietalia ladani ) |
| 9110 | Hainsimsen-Buchenwald ( Luzulo-Fagetum ) |
| 9130 | Waldmeister-Buchenwald ( Asperulo-Fagetum ) |
| 9180* | Schlucht- und Hangmischwälder ( Tilio-Acerion ) |
| 91D0* | Moorwälder |
| 91E0* | Auenwälder mit Alnus glutinosa und Fraxinus excelsior ( Alno-Padion, Alnion incanae, Salicion albae ) |
| 9410 | Montane bis alpine bodensaure Fichtenwälder ( Vaccinio-Piceetea ) |
und
2. der in der Tabelle 2 angeführten Tier- und Pflanzenarten des Anhangs II der „FFH-Richtlinie“ (§ 7 Z 1) und deren Lebensräume
Tabelle 2
| Codebezeichnung gemäß der „FFH-Richtlinie“ (Kennzeichnung einer prioritären Art mit einem „*“) | Bezeichnung der Art | Beschreibung des Lebensraums |
| 1029 | Flussperlmuschel ( Margaritifera margaritifera ) | Kalkarme, nährstoffarme, sauerstoffreiche und kühle Bäche und Flüsse |
| 1037 | Grüne Keiljungfer ( Ophiogomphus cecilia ) | Sandige bis feinkiesige Fließgewässer mit wenig Wasserpflanzen und stabilen Sedimenten mit einer Mindestbreite von 3 m; sonnige und kahle, lehmige bis sandige Abschnitte, strömungsberuhigte Flachwasserbereiche |
| 1096 | Bachneunauge ( Lampetra planeri ) | Gewässer der unteren Forellen- sowie der Äschenregion mit kiesigen Bereichen |
| 1163 | Koppe ( Cottus gobio ) | Sommerkalte strukturreiche Gewässer der Forellen- und Äschenregion, Uferzonen und tiefere Bereiche kühler Seen |
| 1308 | Mopsfledermaus ( Barbastella barbastellus ) | Natürliche Quartiere in Spalten hinter abstehender Rinde oder in Stammanrissen von Bäumen |
| 1337 | Biber ( Castor fiber ) | Benötigt ganzjährig stehendes oder fließendes Wasser und Pflanzennahrung |
| 1355 | Fischotter ( Lutra lutra ) | Flüsse, Bäche und Teiche mit gut strukturierten Ufern und guter Wasserqualität |
| 1361 | Luchs ( Lynx lynx ) | Großflächige, gut strukturierte, unzerschnittene Wälder mit vielen Deckungsmöglichkeiten, stark gegliedertes Gelände und Anteil von Felspartien |
| 1914* | Hochmoorlaufkäfer ( Carabus menetriesi pacholei ) | Kommt ausschließlich in Zwischen- und Übergangsmooren vor |
| 4094* | Böhmischer Enzian ( Gentianella bohemica ) | Borstgrasrasen, trockenere basenreichere Standorte sowie auch mesotrophe und teilweise feuchte Wiesen |
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