Schutzzweck des Europaschutzgebiets „Eferdinger Becken“ (§ 1) ist die Erhaltung oder gegebenenfalls die Wiederherstellung eines günstigen Erhaltungszustands
1. der in der Tabelle 1 angeführten natürlichen Lebensräume des Anhangs I der „FFH-Richtlinie“ (§ 7 Z 1)
Tabelle 1
| Codebezeichnung gemäß der „FFH-Richtlinie“ (Kennzeichnung eines prioritären natürlichen Lebensraums mit einem „*“) | Bezeichnung des Lebensraums |
| 3150 | Natürliche eutrophe Seen mit einer Vegetation des Magnopotamions oder Hydrocharitions |
| 6210* | Naturnahe Kalk-Trockenrasen und deren Verbuschungsstadien (Festuco-Brometalia) (*besondere Bestände mit bemerkenswerten Orchideen) |
| 6510 | Magere Flachland-Mähwiesen (Alopecurus pratensis, Sanguisorba officinalis) |
| 91E0* | Auenwälder mit Alnus glutinosa und Fraxinus excelsior (Alno-Padion, Alnion incanae, Salicion albae) |
| 91F0 | Hartholzauenwälder mit Quercus robur, Ulmus laevis, Ulmus minor, Fraxinus excelsior oder Fraxinus angustifolia (Ulmenion minoris) |
und
2. der in der Tabelle 2 angeführten Tierarten des Anhangs II der „FFH-Richtlinie“ (§ 7 Z 1) und deren Lebensräume
Tabelle 2
| Codebezeichnung gemäß der „FFH-Richtlinie“ | Bezeichnung der Art | Beschreibung des Lebensraums |
| 1032 | Flussmuschel (Unio crassus) | Bäche und Flüsse mit typgemäßem Nährstoff- und Sauerstoffhaushalt und gut durchströmtem Kieslückenraum |
| 1084 | Eremit (Juchtenkäfer) (Osmoderma eremita) | Besonnte Laubbäume mit Mulm-gefüllten Höhlen (bevorzugt Obstbäume, Kopfweiden) |
| 1086 | Scharlachkäfer (Cucujus cinnaberinus) | Waldbestände oder Uferbegleitgehölze mit absterbenden oder abgestorbenen Baumstämmen unterschiedlicher Waldgesellschaften vom Auwald bis in den Bergwald |
| 1130 | Schied (Aspius aspius) | Große Flüsse mit naturnaher Morphologie und Gewässerdynamik, Ruhigwasserbereiche (Altarme) |
| 1145 | Schlammpeitzger (Misgurnus fossilis) | Naturnahe, langsam fließende oder stehende Augewässer |
| 1157 | Schrätzer (Gymnocephalus schraetzer) | Größere Flüsse mit naturnaher Morphologie und Gewässerdynamik |
| 1159 | Zingel (Zingel zingel) | Größere Flüsse mit naturnaher Morphologie und Gewässerdynamik |
| 1160 | Streber (Zingel streber) | Größere Flüsse mit naturnaher Morphologie und Gewässerdynamik |
| 1163 | Koppe (Cottus gobio) | Bäche und Flüsse mit gut durchströmtem Kieslückenraum |
| 1166 | Nördlicher Kammmolch (Triturus cristatus) | Fischfreie, permanente bis temporäre, zumindest teilweise sonnenexponierte, flache stehende Gewässer in Form von Altwässern, Teichen und Tümpeln, teilweise mit dichtem sub- und emersem Makrophytenbestand in extensivem Grünland oder lichten Laubmischwäldern |
| 1308 | Mopsfledermaus (Barbastella barbastellus) | Naturnahe Laubmischwälder mit Quartieren in abstehender Rinde oder in Stammanrissen von Bäumen |
| 1321 | Wimperfledermaus (Myotis emarginatus) | Strukturreiche Laubwälder und Streuobstwiesen, Gehölzstreifen als Transferwege, Wochenstuben in ruhigen Dachböden |
| 1337 | Biber (Castor fiber) | Ausreichend tiefe stehende oder fließende Gewässer mit Gehölzen in Gewässernähe |
| 1355 | Fischotter (Lutra lutra) | Bäche, Flüsse und Teiche mit gut strukturierten Ufern |
| 2484 | Ukrainisches Bachneunauge (Eudontomyzon mariae) | Reich strukturierte Fließgewässer mit heterogenem Tiefen- und Strömungsmuster; Bäche mit kiesigen sowie feinsandigen und gut mit Sauerstoff versorgten Bereichen |
| 2555 | Donau-Kaulbarsch (Gymnocephalus baloni) | Große Flüsse mit naturnaher Morphologie und Gewässerdynamik, Ruhigwasserbereiche (Altarme) |
| 5197 | Balkan-Goldsteinbeißer (Sabanejewia balcanica) | Kleine bis mittelgroße, sommerwarme Fließgewässer mit sandiger bis feinkiesiger Sohle |
| 5329 | Donau-Weißflossengründling (Romanogobio vladykovi) | Größere Bäche und Flüsse mit naturnaher Morphologie und Gewässerdynamik |
| 5339 | Bitterling (Rhodeus amarus) | Langsam fließende Bäche sowie Flüsse mit Ruhigwasserzonen mit Vorkommen von Großmuscheln |
| 5345 | Frauennerfling (Rutilus virgo) | Größere Bäche und Flüsse mit naturnaher Morphologie und Gewässerdynamik |
| 6145 | Steingreßling (Romanogobio uranoscopus) | Flüsse der Barbenregion mit naturnaher Morphologie und Gewässerdynamik |
| 6146 | Perlfisch (Rutilus meidingeri) | Flüsse mit naturnaher Morphologie und Gewässerdynamik; Seen mit zugänglichen Laichplätzen an Zubringern und naturnahen Uferbereichen |
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