Schutzzweck des Europaschutzgebiets „Mösl im Ebenthal“ (§ 1) ist die Erhaltung und gegebenenfalls die Wiederherstellung eines günstigen Erhaltungszustands der in der Tabelle 1 angeführten natürlichen Lebensräume des Anhangs I der „FFH-Richtlinie“ (§ 7 Z 1)
Tabelle 1
| Codebezeichnung gemäß der „FFH-Richtlinie“ (Kennzeichnung eines prioritären natürlichen Lebensraums mit einem „*“) | Bezeichnung des Lebensraums |
| 3220 | Alpine Flüsse mit krautiger Ufervegetation |
| 6410 | Pfeifengraswiesen auf kalkreichem Boden, torfigen und tonig-schluffigen Böden (Molinion caeruleae) |
| 7110* | Lebende Hochmoore |
| 7220* | Kalktuffquellen (Cratoneurion) |
| 91E0* | Auenwälder mit Alnus glutinosa und Fraxinus excelsior (Alno-Padion, Alnion incanae, Salicion albae) |
| 9410 | Montane bis alpine bodensaure Fichtenwälder (Vaccinio-Piceetea) |
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