| Nr. | Name/Gebiet | Km von | Km bis | RouteID | Bezeichnung |
| Donau | |||||
| 1 | Ipfbach | 0,0 | 12,7 | 2 62 | Unterlauf bis zur Mündung des St. Marienbaches 1 |
| 2 | Aschach | 0,0 | 9,0 | 2 39 | Unterlauf bis Ausleitung Aschacharm bei Pupping |
| 3 | Innbach | 0,0 | 24,8 | 2 41 | Unterlauf bis zur Einmündung der Trattnach |
| 4 | Trattnach | 0,0 | 4,5 | 2 41 4 14 | Unterlauf bis uh. Bad Schallerbach |
| Innviertel-Inn | |||||
| 5 | Mattig | 0,0 | 5,0 | 2 8281 | Unterlauf bis Kühberg |
| 6 | Mattig | 21,5 | 41,3 | 2 8281 | Ober-Mittellauf Seeausrinn bis oh. Mattighofen |
| 7 | Ach | 0,0 | 9,2 | 2 8294 | Unterlauf bis oh. Altheim |
| 8 | Antiesen | 0,0 | 19,5 | 2 8303 | Unterlauf bis Dulmading b. Aurolzmünster 1 |
| 9 | Pram | 14,0 | 23,0 | 2 8314 | Taufkirchen bis oh. Andorf |
| 10 | Pfudabach | 0,0 | 11,5 | 2 8314 50 | Unterlauf bis Angsüß |
| Mühlviertel | |||||
| 11 | Große Mühl | 0,0 | 14,5 | 2 35 | Unter-Mittellauf |
| 12 | Pesenbach | 0,0 | 11,5 | 2 43 | Unterlauf bis oh. Pesenbach |
| 13 | Große Rodl | 0,0 | 7,0 | 2 45 | Unterlauf bis oh. Rottenegg |
| 14 | Gusen | 0,0 | 7,5 | 2 63 | Unterlauf bis uh. St. Georgen |
| 15 | Aist | 0,0 | 13,7 | 2 67 | Unterlauf bis Zusammenfluss Wald/Feldaist |
| 16 | Naarn | 0,0 | 11,5 | 2 77 | Unterlauf bis uh. Perg |
| 17 | Schwemmnaarn | 0,0 | 9,4 | 2 77 26 | Gesamter Verlauf |
| Traungebiet | |||||
| 18 | untere Traun | 0,0 | 73,1 | 2 59 | Einmündung in die Donau bis uh. Traunsee |
| 19 | mittlere Traun | 85,7 | 118,3 | 2 59 | Vom Traunsee bis zum Hallstättersee |
| 20 | Ischl | 0,0 | 12,3 | 2 59 39 | Einmündung in die Traun bis Ausrinn Wolfgangsee |
| 21 | Ager | 0,0 | 33,8 | 2 59 65 | Einmündung in die Traun bis Ausrinn Attersee |
| 22 | Seeache | 54,4 | 57,1 | 2 59 65 | Vom Attersee bis zum Mondsee |
| 23 | Zeller Ache | 68,1 | 69,2 | 2 59 65 | Einmündung in den Mondsee bis uh. Helenental |
| 24 | Fuschler Ache | 0,0 | 8,0 | 2 59 65 3 | Einmündung in den Mondsee bis Landesgrenze |
| 25 | Vöckla | 0,0 | 8,1 | 2 59 65 36 | Unterlauf bis Einmündung der Dürren Ager |
| 26 | Alm | 0,0 | 11,5 | 2 59 69 | Unterlauf bis Vorchdorf |
| 27 | Krems | 0,0 | 30,5 | 2 59 85 | Unterlauf bis uh. Kremsmünster |
| Ennsgebiet | |||||
| 28 | Enns | 0,0 | 33,4 | 2 65 | Einmündung in die Donau bis uh. KW Garsten |
| 29 | Steyr | 0,0 | 34,5 | 2 65202 | Einmündung in die Enns bis uh. Steyrdurchbruch |
1 Maßnahmenbereich im NGP zu lang dargestellt
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