Schutzzweck des „Europaschutzgebiets Reinthallermoos“ (§ 1) ist die Erhaltung oder gegebenenfalls die Wiederherstellung eines günstigen Erhaltungszustands der in der Tabelle 1 angeführten natürlichen Lebensräume des Anhangs I der „FFH-Richtlinie“ (§ 7 Z 1).
Tabelle 1:
| Codebezeichnung gemäß FFH-Richtlinie (Kennzeichnung eines prioritären natürlichen Lebensraums mit einem „*“) | Bezeichnung des Lebensraums |
| 7220* | Kalktuffquellen (Cratoneurion) |
| 9130 | Waldmeister-Buchenwald (Asperul-Fagetum) |
| 9180* | Schlucht- und Hangmischwald (Tilio-Acerion) |
| 91E0* | Auenwälder mit Alnus glutinosa und Fraxinus excelsior (Alno-Padion, Alnion incanae, Salcion albae) |
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