Der Verwaltungsrat erlässt nach Anhörung der Kommission die für die Agentur geltende Finanzregelung. Diese darf von der Delegierten Verordnung (EU) Nr. 1271/2013 nur abweichen, wenn dies für den Betrieb der Agentur eigens erforderlich ist und die Kommission vorher ihre Zustimmung erteilt hat. In diesem Rahmen nimmt der Verwaltungsrat spezifische Finanzregelungen an, die für die Tätigkeiten der Agentur in der Zusammenarbeit mit Drittstaaten im Bereich der Rückkehr gelten.