Mit der Vollziehung dieses Bundesgesetzes ist der Bundesminister für Finanzen betraut. Der Bundesminister für Finanzen hat gemeinsam mit dem Bundesminister für Verkehr, Innovation und Technologie die Auswirkungen der Einführung des Flugabgabegesetzes auf den Luftverkehrssektor und die Entwicklung der Einnahmen aus der Flugabgabe bis 30. September 2012 zu evaluieren. Eine weitere Evaluierung hat bis 30. September 2014 zu erfolgen.