(1) Schutzzweck des "Europaschutzgebiets Böhmerwald und Mühltäler" (§ 1) ist die Erhaltung oder gegebenenfalls die Wiederherstellung eines günstigen Erhaltungszustands
1. der in der Tabelle 1 angeführten natürlichen Lebensräume des Anhangs I der "FFH-Richtlinie" (§ 5 Z. 1)
Tabelle 1
| Codebezeichnung gemäß "FFH-Richtlinie" (Kennzeichnung eines prioritären Lebensraums mit einem " * ") | Bezeichnung des Lebensraums |
| 3150 | Natürliche eutrophe Seen mit einer Vegetation des Magnopotamions oder Hydrocharitions |
| 3260 | Flüsse der planaren bis montanen Stufe mit Vegetation des Ranunculion fluitantis und des Callitricho-Batrachion |
| 4070* | Buschvegetation mit Pinus mugo und Rhododendron hirsutum (Mugo Rhododendretum hirsuti) |
| 6230* | Artenreiche montane Borstgrasrasen auf Silikatböden |
| 6410 | Pfeifengraswiesen auf kalkreichem Boden, torfigen und tonigschluffigen Böden (Molinion caeruleae) |
| 6510 | Magere Flachland-Mähwiesen (Alopecurus pratensis, Sanguisorba officinalis) |
| 6520 | Berg-Mähwiesen |
| 7110* | Lebende Hochmoore |
| 7120 | Noch renaturierungsfähige degradierte Hochmoore |
| 7140 | Übergangs- und Schwingrasenmoore |
| 8110 | Silikatschutthalden der montanen bis nivalen Stufe (Androsacetalia alpinae und Galeopsietalia ladani) |
| 9110 | Hainsimsen-Buchenwald (Luzulo-Fagetum) |
| 9130 | Waldmeister-Buchenwald (Asperulo-Fagetum) |
| 9180* | Schlucht- und Hangmischwälder (Tilio-Acerion) |
| 91D0* | Moorwälder |
| 91E0* | Auenwälder mit Alnus glutinosa und Fraxinus excelsior (Alno-Padion, Alnion incanae, Salicion albae) |
| 9410 | Montane bis alpine bodensaure Fichtenwälder (Vaccinio-Piceetea) |
und
2. der in der Tabelle 2 angeführten Tier- und Pflanzenarten des Anhangs II der "FFH-Richtlinie" (§ 5 Z. 1) und deren Lebensräume
Tabelle 2
| Codebezeichnung gemäß "FFH-Richtlinie" (Kennzeichnung einer prioritären Art mit einem " * ") | Bezeichnung der Art | Bezeichnung des Lebensraums |
| 1029 | Flussperlmuschel (Margaritifera magaritifera) | Kalkarme, nährstoffarme, sauerstoffreiche und kühle Bäche und Flüsse |
| 1037 | Grüne Keiljungfer (Ophiogomphus caecilia) | Sandige bis feinkiesige Fließgewässer mit wenig Wasserpflanzen und stabilen Sedimenten mit einer Mindestbreite von 3 m; sonnige und kahle, lehmige bis sandige Abschnitte, strömungsberuhigte Flachwasserbereiche |
| 1096 | Bachneunauge (Lampetra planeri) | Gewässer der unteren Forellen- sowie der Äschenregion mit kiesigen Bereichen |
| 1163 | Koppe (Cottus gobio) | Sommerkalte strukturreiche Gewässer der Forellen- und Äschenregion, Uferzonen und tiefere Bereiche kühler Seen |
| 1308 | Mopsfledermaus (Barbastella barbastellus) | Natürliche Quartiere in Spalten hinter abstehender Rinde oder in Stammanrissen von Bäumen |
| 1337 | Biber (Castor fiber) | Benötigt ganzjährig stehendes oder fließendes Wasser und Pflanzennahrung |
| 1355 | Fischotter (Lutra lutra) | Flüsse, Bäche und Teiche mit gut strukturierten Ufern und guter Wasserqualität |
| 1361 | Luchs (Lynx lynx) | Großflächige, gut strukturierte, unzerschnittene Wälder mit vielen Deckungsmöglichkeiten, stark gegliedertes Gelände und Anteil von Felspartien |
| 1914* | Hochmoorlaufkäfer (Carabus menetriesi pacholei) | Kommt ausschließlich in Zwischen- und Übergangsmooren vor |
| 4094* | Böhmischer Enzian (Gentianella bohemica) | Borstgrasrasen, trockenere basenreichere Standorte sowie auch mesotrophe und teilweise feuchte Wiesen |
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