Die Kommission stellt in enger Zusammenarbeit mit den Mitgliedstaaten, eu-LISA und anderen einschlägigen Agenturen ein Handbuch für die Umsetzung und den Betrieb des EES zur Verfügung. Das Handbuch enthält technische und operative Leitlinien, Empfehlungen und bewährte Verfahren. Die Kommission nimmt dieses Handbuch in Form einer Empfehlung an.