(1) Die Funktion des internen Prüfers wird gemäß der Haushaltsordnung vom Internen Prüfer der Kommission wahrgenommen. Analog zu den Generaldirektionen und Dienststellen der Kommission richtet das Amt einen internen Auditdienst ein. Die Organe können vom Direktor des Amtes verlangen, dass in das Arbeitsprogramm des internen Auditdienstes des Amtes spezifische Audits einbezogen werden.

(2) Im Zusammenhang mit dem Auftrag des Europäischen Amtes für Betrugsbekämpfung (OLAF) beantwortet das Amt alle in seinen Zuständigkeitsbereich fallenden Fragen. Zum Schutze der finanziellen Interessen der Europäischen Union verständigen sich der Präsident des Direktoriums und der Direktor des OLAF über die Modalitäten der gegenseitigen Information.